HMMer notes, avoid redundant searching
安装
从源代码编译
cd {源代码目录}
./configure --prefix={your-install-dir}
make
make check
make install
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注意确保configure成功
使用
安装成功后会在{your-install-dir}下出现bin目录并包含所有可执行程序
创建目标序列对应的MSA
jackhmmer --incE 0.001 --max -A msa.sto query_sequence.fasta uniref90.fasta
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具体的参数可以参考https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/search/jackhmmer