TAO: 为蛋白质运行ONIOM计算

本文为初次使用TAO运行ONIOM计算的杂记

A toolkit to assist ONIOM calculations
https://doi.org/10.1002/jcc.21524
http://chem.wayne.edu/schlegel/Software/oniomtoolTAO/TAOtutorial.html

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制作输入文件

初始文件：

• .pdb 包含溶剂和离子的蛋白质结构
• .prep 通过LEaP生成的相应的力场参数文件（添加至ESPT/prepfiles）

pdb2oniom

• 运行pdb2oniom -o NAME.gjf -resid corelist.txt -near 6 –i NAME.pdb

  • 选择核心部分，制作corelist.txt (格式：[RES] “INDEX” )
  • 其中-near指定corelist周围几埃的原子可以在优化中移动
    教程里直接复制出来的命令里i前面的–不是正常的-，找问题找了半天，气死了

• 得到一段输出和两个文件.gjf .gjf.onb

  • 输出文本：
    1. 部分配体和cofactor没有被识别 需要将相关的prep文件添加至ESPT/prepfiles文件夹
    2. C端和N端残基以及一些离子没有被识别 需要手动添加

• .gjf文件的修复

  • 修复电荷：
    使用leap制作prmtop文件，利用脚本从对应的prmtop文件中读取电荷，进行整体的替换
  • 修复名称：
    • 配体和cofactor：
      WARNING 需将antechamber生成的prepin文件转化成旧版的prep文件（在每行结尾加原子序号,相关脚本(https://github.com/shaoqx/CalcKit/blob/master/Misc_scripts/TAO/prepin2prep.py)）
    • 末端残基：
      手动修复，将UDF替换为对应的原子名称、类型
    • 离子：
      手动修复，将UDF替换为对应的离子类型 （用什么标准的类型和名称？）

• .gjf文件补充信息

  • 补充connectivity table: 使用GaussView读取再保存
  • 设置QM层：使用GaussView设置高/低层
  • 设置route行

• .gjf文件的修复2

  • 修复connectivity
    使用checkconnect检查连接数（输出超过-c设置的连接数的中心） checkconnect -g NAME.gjf -c 5
    之后手动在GaussView中修复
  • 修复电荷
    使用chargesum检查电荷
    手动设置到gjf文件中
  • 修复力场参数
    运行一次gjf文件 得到关于力场参数的报错
    使用pramlookup从Amber库中获取参数 parmlookup -g NAME.log -o NAME.txt
    重复多次直至不报错